بخشی از تفسیر اهل بیت (ع) روایات تأویلی ایشان است که به نظر می رسد با فهم رایج از آیات قرآن سازگار نباشد. این بخش، از دیرباز محل بحث بوده است؛ برخی با هدف درک بهتر آموزه های ائمه (ع)، و برخی با هدف ردّ و تخطئه، بدان پرداخته اند. طبعاً در هر یک از پژوهش های انجام شده، معیار محقق برای بررسی و تحلیل روایات، متفاوت از دیگران است. اکنون این پرسش مطرح است که روایات تأویلیِ اهل بیت (ع) بر اساس روش و فرایند تأویل (و نه موضوع تأویل) به چه گروه هایی قابل تقسیم اند؟ در بازخوانی روایات تأویلی تفسیر نورالثقلین، تلاش شده است تا در محدودة پژوهش، بر اساس تصریحات موجود در کلام اهل بیت (ع)، فرایند تأویل در روایات، استخراج شود. این پژوهش بدست می دهد که در تفسیر نورالثقلین فرایندهایی که می توان آن ها را مبنای شناسایی و دسته بندی روایات تأویلی اهل بیت (ع) قرار داد، متعددند. برخی از آن ها عبارت است از: تطبیق امر کلی بر یکی یا برخی از مصادیق، حمل آیه بر تمثیل، جری، معرفی مصادیق آیه (انحصاری و غیر انحصاری)، تبیین زمان تحقق کامل مفاد آیه و موارد دیگر که این پژوهش به آن می پردازد.
با گذر زمان و نمود مکاتب مادی گرا در اروپا و به تَبَع آن ممالک اسلامی، تفسیر قرآن هم سمت و سوی جدیدی یافت به نحوی که مفسران از همین اندیشه ها و تحولات عصر، در جهت تفسیر قرآن تأثیر پذیرفتند. این نظرات به مرور به ایران هم راه پیدا کرد. مهدی بازرگان از جمله مفسرانی است که این تأثیر را در تفسیر خود نشان داده است. به عبارتی بازرگان تا حد زیادی تفسیر خود را به نیازهای دوران و شبهه های برآمده از مکاتب عصری چون: لیبرالیسم، داروینسیم و کمونیسم و مارکسیسم و اندیشه ها و نظریات مطرح شده مدرنیته همچون دموکراسی اختصاص داده است. این نوشتار که به شیوه کتابخانه ای و توصیفی و تحلیلی فراهم آمده به چگونگی اثر پذیری تفسیر بازرگان از جریان های روز پرداخته و ثابت کرده است که وی در تفسیر قرآن از این اندیشه ها متأثر بوده و توانسته با استناد به آیات قرآنی، برخی اصول و نظریات مطرح شده در مکاتب ماتریالیستی و نیز جریان ها و تحولات عصر خود – در قالب رد یا نقد و در برخی موارد، تأیید آن ها- پاسخ دهد.