بخشی از تفسیر اهل بیت (ع) روایات تأویلی ایشان است که به نظر می رسد با فهم رایج از آیات قرآن سازگار نباشد. این بخش، از دیرباز محل بحث بوده است؛ برخی با هدف درک بهتر آموزه های ائمه (ع)، و برخی با هدف ردّ و تخطئه، بدان پرداخته اند. طبعاً در هر یک از پژوهش های انجام شده، معیار محقق برای بررسی و تحلیل روایات، متفاوت از دیگران است. اکنون این پرسش مطرح است که روایات تأویلیِ اهل بیت (ع) بر اساس روش و فرایند تأویل (و نه موضوع تأویل) به چه گروه هایی قابل تقسیم اند؟ در بازخوانی روایات تأویلی تفسیر نورالثقلین، تلاش شده است تا در محدودة پژوهش، بر اساس تصریحات موجود در کلام اهل بیت (ع)، فرایند تأویل در روایات، استخراج شود. این پژوهش بدست می دهد که در تفسیر نورالثقلین فرایندهایی که می توان آن ها را مبنای شناسایی و دسته بندی روایات تأویلی اهل بیت (ع) قرار داد، متعددند. برخی از آن ها عبارت است از: تطبیق امر کلی بر یکی یا برخی از مصادیق، حمل آیه بر تمثیل، جری، معرفی مصادیق آیه (انحصاری و غیر انحصاری)، تبیین زمان تحقق کامل مفاد آیه و موارد دیگر که این پژوهش به آن می پردازد.
علم امام (ع) بارزترین صفتی است که از دیرباز در امام شناسی مورد توجه عالمان و متفکران اسلامی بوده است. اندیشمندان شیعی این ویژگی را از شروط بنیادین امامت دانسته و در رویارویی با دیگر گروه های اسلامی بر آن تأکید کرده اند. مطالعه دربارة این موضوع همواره با نگرش ها و رویکردهای فکری مختلفی مواجه بوده و بروز اختلافاتی را در مقدار و چگونگی علم امام (ع) موجب شده است. این تحقیق، با رویکردی تطبیقی و با بهره گیری از روش توصیفی تحلیلی، دیدگاه حکمت متعالیه را در این باره بررسی می کند. بر اساس نتایج این پژوهش، حکمت متعالیه بر تقیّد علم امام (ع) به ذاتی نبودن و افاضه از جانب خداوند متعال و نیز بر عدم احاطة علم ایشان نسبت به کنه ذات و صفات ذاتی خداوند متعال اذعان دارد. همچنین، هر آنچه حکمت متعالیه دربارة علم گستردة امام به همة موضوعات و حقایق بیان می دارد، به قوس نزولی و وجود نوری امام (ع) برگشت می کند نه به وجود عنصری و قوس صعودی ایشان.