صحیح ترین روش در روش های تفسیری،تفسیر قرآن به قرآن است که از زمان ائمه(ع)مورد توجه بوده و بعد از ایشان نیز طرفداران بسیاری داشته است. اینکه بعضی از مفسران این روش را دنبال کرده اند و تفسیرهایشان چه ویژگی هایی داشته است مورد بررسی قرار گرفته اما مقایسه بین دو تفسیر با بررسی وجه تشابه و اختلاف کمتر دیده شده است.بنابراین این سوال مطرح می شود که بین دو روش تفسیری مشابه،اختلاف دیده می شود یا نه و اگر اختلافی هست ریشه آن در کجاست؟ در این تحقیق به مقایسه دو تفسیر»المیزان«و»الفرقان«پرداخته شده است که هر دو از روش قرآن به قرآن استفاده کرده اند،اما در آنها اختلافاتی دیده می شود. به عنوان مثال در مواردی مثل سیاق این دو تفسیر کاملا در مقابل هم قرار گرفته اند. برای روشن تر شدن مطالب از سبک الفرقان به نظرات جدید و نادر مفسر در زمینه فقه الاحکام پرداخته شده و در مورد سبک المیزان به بررسی ویژگی های مهم تفسیر و استفاده از سیاق به عنوان ابزار کار تفسیر قرآن به قرآن اشاره شده است. روش تحقیق بر اساس جمع آوری اطلاعات ،روش مطالعه ای اسنادی و کتابخانه ای است و ضمن مراجعه به دو کتاب تفسیر به کتابهای دیگر مراجعه شده است. یکی از دستاوردهای تحقیق این است که نویسنده الفرقان روایت قوی مخالف با ظواهر قرآن را قبول ندارد و طبق مبناهای خود حکم های شاذ و نادری را ارائه کرده،اما علامه طباطبایی(ره)روایات قوی را در تفسیر می پذیرد و هرگز در صدد نفی از روش و اعتبار قول معصوم(ع)در زمینه تفسیر نبوده است.
شیخ مرتضی انصاری، فقیه و اصولی شیعه اگر چه اثر مستقلی در تفسیر قرآن از خود بر جای نگذاشته، ولی در لابه لای مباحث فقهی و اصولی خود به تفسیر آیات بسیاری پرداخته است که می توان روش تفسیری او را از میان آنها استخراج و عرضه کرد. نامبرده بیش تر به تفسیر آیات الاحکام دست یازیده و لذا روش تفسیر روایی را بیش از روش های دیگر به کار گرفته است. البته بنا بر اقتضای بحث، گاهی از سایر روش های تفسیری نیز بهره جسته است؛ نظیر روش تفسیر اجتهادی، روش تفسیر قرآن به قرآن و روش تفسیر عقلی. به دیگر سخن روش تفسیری شیخ انصاری، جامعی از روش-های مختلف است.
نویسنده تفسیر فی ظلال میان آیات قرآن ارتباط میبیند و این ارتباط را با عناوینی چون موضوع، هدف، جو، محور و شخصیت بیان میکند. یکی از عوامل ارتباط میان آیات، موضوع سوره است. سید قطب موضوعی مداری سورههای قرآن را باور دارد و در جای جای تفسیر خویش برخی سورهها را تک موضوع و شماری را چند موضوع معرفی میکند. عامل دیگر پیوند آیات، غرض سوره است. نویسنده تفسیر فی ظلال هدفمندی سورههای قرآن را پذیراست و بسیاری از سورهها را تک هدف و برخی را چند هدف میخواند. جو سوره یکی دیگر از عوامل ارتباط میان آیات است. سید قطب هر سوره را دارای یک جو میداند و این جو را حاکم بر تمامی آیات یک سوره میشناسد. محور و شخصیت سوره از عوامل دیگر پیوند میان آیات معرفی شده است.
به باور سید قطب موضوع مداری، هدفمندی، جو، محور و شخصیت سوره منوط به نزول دفعی نیست، بلکه در صورت نزول تدریجی سوره نیز مباحث یاد شده در خور بحث و بررسی است. نام سوره و مکی یا مدنی بودن آن از نشانههای مهم موضوع شناسی سوره است. سید قطب شناخت آیات مکی و مدنی و اعجاز قرآن را از فواید اصلی بحث پیوند آیات معرفی میکند. شوط، جوله، مقطع، موج، درس و شطر از عناوینی است که سید قطب برای دسته بندی آیات سورههای قرآن سود میبرد.