مسئله پژوهش حاضر بررسی موقعیت علمای شیعی با حکومت های زمانه صفویه تا اوایل قاجاریه است. پرسش این است که فراز و فرود حکومت ها از دوره صفوی تا عصر ناصری چه تأثیری بر مناسبات حکومت و علمای شیعه گذاشت و واکنش دو طرف تحت تأثیر چه عواملی بود و به عبارت دیگر، تغییر حکومت ها چه تأثیری بر موقعیت و نقش علمای شیعه، به خصوص از منظر مناسبات با حاکمیت های افغان ها، افشاریه، زندیه تا اوایل قاجار گذاشت؟ این پرسش از آن بُعد اهمیت مضاعف می یابد که علمای شیعه از حکومت متعصب شیعی وارد یک دوره تسنن و یا بی توجهی نیز شدند. پژوهش با شیوه تبیین تاریخی سامان یافته و بر این فرض استوار است که مناسبات یکدست و همسانی میان علما و حکومت های صفویه، افغان ها، افشاریه، زندیه و قاجاریه مشاهده نمی شود و این روند تابع شرایط و اقتضائات تاریخی، ملاحظات و مسائل عصری است. یافته های پژوهش نشان می دهد که این مناسبات متغیر با ورود علمای شیعی به ایران و در نتیجه «همکاری» آنها با حکومت صفویه صورت بندی شد. در ادامه تحت تأثیر عواملی چند رویکردهای متعارض و جدی تری میان آنها رقم خورد.