مسئله شر چالش های بسیاری را برای احسن بودن نظام هستی، اثبات وجود خدا و تبیین برخی از صفات او به وجود آورده است. پاسخ های مختلفی از قبیل عدمی و نسبی بودن شرور، غالب بودن خیرات بر شرور ارائه شده که هر یک به نوبه خود توانایی توجیه وجود برخی از شرور را دارد. نگرش سیستمی به هستی نیز می تواند نقشی مکمل برای دیگر پاسخ های داده شده به مسئله ایفا کند. برخی از فلاسفه همچون ملاصدرا، محمدباقر میرداماد، محقق طوسی و غیره بر این باورند که با نگرش سیستمی یا کل نگر به عالم، دیگرهیچ پدیده ای شر به نظر نمی رسد، اما هیچ یک از آنها به تبیین این نگرش و چگونگی پاسخ گویی آن به مسئله شرور نپرداخته اند. در این نوشتار کوشیده ایم با روش توصیفی_تحلیلی و بازخوانی نگرش سیستمی به هستی، نقش آن در پاسخ به شبهات شرور را با بیان چند نمونه با تکیه بر اساس مبانی علامه طباطبایی بررسی کنیم. در پایان این نتیجه بدست آمد که با توجه به تعریف سیستم و اثبات وجود عناصر مختلف آن در عالم هستی با روش عقلی و جمع آوری شواهد قرآنی و روایی، همه موجودات عالم با یکدیگر به صورت هماهنگ برای دستیابی به هدفی خاص در تعامل هستند، به گونه ای که نبود یکی از موجودات یا تغییر یکی از آنها به تغییر کل عالم منجر می شود. بدین ترتیب موجوداتی که به ظاهر شر به شمار می آیند، وقتی در سیستم قرار می گیرند دیگر شر نبوده و جایگاه خاص خود در نظام عالم را خواهند داشت. این ادعا با بیان چند نمونه بررسی شده است.