نواقص حمایت از داده پیام در ماده 58 قانون تجارت الکترونیکی، ناشی از محدودیت موضوع به «داده های شخصی حساس» و محدودیت رفتارهای مجرمانه به «ذخیره، پردازش و توزیع» است. همچنین، چندگانگی قوانین «لازم الاجراء» فعلی و مقررات «ممکن الاجراء» در آینده ناشی از پیش نویس لایحه «حمایت از داده ها و حریم خصوصی در فضای مجازی» و لایحه «صیانت و حفاظت از داده های شخصی» است که در صورت تبدیل به قانون، اعتبار قانون تجارت الکترونیکی و رابطه این مقررات چالش برانگیز خواهد بود. پرسش اینکه در صورت قانونی شدن این دو لایحه، در موارد خلأ یا تعارض قانونی، کدام قانون حاکم خواهد بود؟ از دید نویسندگان، قاعده اصولیِ «عام مؤخر ناسخ خاص مقدم نیست» در قلمرو فضای مجازی ناکارآمد است و راهکار آن کشف «اراده مؤخر قانون گذار» است
